mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATATTTTGGGACGGAGGGAG CCCTCCGTCTCAAAATATAAG GTGTATGACAGCTACTCCCTCCGTCTCAAAATATAAGAGCGTTTTTGGCACTACACTAGTGTAAAAAATGCTCTTATATTTTGGGACGGAGGGAGTATGTTTGTTTGG ATGTGTATGACAGCTACTCCCTCCGTCTCAAAATATAAGAGCGTTTTTGGCACTACACTAGTGTAAAAAATGCTCTTATATTTTGGGACGGAGGGAGTATGTTTGTTTGGAG 0 0 3' arm Triticum_turgidum_subsp._durum mirnest MIR1122 2e-27 tae-MIR1120 6e-18 -61.2 ......(((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((...)))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))...)))))... (-61.2)