mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTAAACTAATATAAGAG CTTATATTAGTTTACAGAGGA TTATCTACTCCCTCCGTAAACTAATATAAGAGTGTTTAGATTACTACTTTAGTGATCTAAACGTTCTTATATTAGTTTACAGAGGAAGTATACA GACGAGGCCCTGCCTGGGTGGGAGGAGGACATTTCGTCGGTGCGGGACTACGATGATCTCCCGGAGACCGCGCGTCTGTACGTGGAGAGGATAGAGGAGCTGGTTGGTATCCCTGTCCATTACATCGGTGTCGGACCTGGGCGTGATGCTCTCATATACAAATAGGGGATTTTGTCAGACATGTCTCTTATTATCTACTCCCTCCGTAAACTAATATAAGAGTGTTTAGATTACTACTTTAGTGATCTAAACGTTCTTATATTAGTTTACAGAGGAAGTATACAAGATCCGCATTTGAGCAAATGATTCAACCCAAGTGCGTCCTTTACTGCTTCTACCANANAAAAAAAAANAANANAAAAAAAAAAAAAAACTCGAG 1 0 5' arm Triticum_turgidum_subsp._durum mirnest MIR1122 1e-34 tae-MIR1121 8e-17 -43.4 .....((((.((((.(((((((((((((((((((((((((((((((...))))))))))))))))))))))))))))))).)))).)))).... (-43.4)