mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGTACTCCCTCCGTCCGCA CGGCCGGAGGGAGTATGTTAC TAGAGCATAACCTTGTACTCCCTCCGTCCGCAAATACTTGTCATCAAAATGGATAAAAAGAGATGTATCTAGAACTAATATACATCTAGATACATCCCCTTTTATTTATTTTGATGACAAGTATTTCCGGCCGGAGGGAGTATGTTACTGGCTACT GCTGGCCTTCATGGACGAGTCATTGGCAAATTCAAGTTCGGCATAATCTTGTGTGTGTGTGTTCCCAGACAAAAACTTTAAATTGTGGGTGCCTTTGGACCGTGGAAGCAGCTTAGCTTAGAGCATAACCTTGTACTCCCTCCGTCCGCAAATACTTGTCATCAAAATGGATAAAAAGAGATGTATCTAGAACTAATATACATCTAGATACATCCCCTTTTATTTATTTTGATGACAAGTATTTCCGGCCGGAGGGAGTATGTTACTGGCTACTACCGTACTTATTTTGTGCCTTATGAAACTCACATCCTGTCCCTATGCAAGTGTAGTTCAGTAAGTATATATGCCAGTGTAATGTTCAGACTGCAGAAGCAGAATAACTTAGGGATTATTGGCTACTAATTATTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAACTCGAG 5 0 5' arm Triticum_turgidum_subsp._durum mirnest MIR1122 2e-50 tae-MIR1128 5e-41 -73.7 ...(((.((((...((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((((((((...((((((((((((...........))))))))))))...))))))))))))))))))))))))))).))).))))))))))))))))...)))... (-73.7)