mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGGTATGTCTGTGGGTAGA TACTACAGGCAGTGGCAATCATG CATGCTGTGTGTGGTACCCTACTACAGGCAGTGGCAATCATGTATAGTTAAAAATGATTGGTATGTCTGTGGGTAGAGTAATGCATGACACATG 2 2 3' arm Macaca_mulatta mirbase 100 mml-mir-509-1 3e-41 -33.9 ((((.(((((((..(((.((((((((((((.((.(((((((.((....))...))))))).))))))))).))))).)))..)))).))))))) (-33.90)