mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTAACATACACTAGTAACA TTACTGCTGAAGTTACTCCC GATTTGCTTTCTTTGAGACTAGCCACAGTGCATAGTAACATACACTAGTAACATATACATATCCCTAGACTATGTTACTATCTTCATAGTGGGTAGTAAAATAAGTATGGTAATATGCAAAGCTTCATTTAGTTACTGTAACCACCTCTCTCCTCATTAACTCATTGCCACATAAGCAAATTTGCTGAGTTGGACTCGATGTTACTGCTGAAGTTACTCCCACTGTGGCTAGTCTGAAAGGAACCGGGTG GATTAAAGATTTGCTTTCTTTGAGACTAGCCACAGTGCATAGTAACATACACTAGTAACATATACATATCCCTAGACTATGTTACTATCTTCATAGTGGGTAGTAAAATAAGTATGGTAATATGCAAAGCTTCATTTAGTTACTGTAACCACCTCTCTCCTCATTAACTCATTGCCACATAAGCAAATTTGCTGAGTTGGACTCGATGTTACTGCTGAAGTTACTCCCACTGTGGCTAGTCTGAAAGGAACCGGGTGGGGTCCACCTGCAA 4 1 5' arm Triticum_turgidum_subsp._durum mirnest 100 tae-MIR1139 4e-21 -66.6 .(((((.(((((((.(((((((((((((((...((((((...((.(((((((((....((((..(((.(((((.(((((((((.......))))))))).)).))).)))..))))(((((((((((...(((((.((................)).)))))...))......))))...))))).((((...)))).))))))))).))..))))))..))))))))))))))).))))))).))))). (-66.6)