mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAATACTGGCAATTACTTTTCC AAAAGTAATTGTGGTTTTTTGCC TCCAGGGAGGTATTAAGTTGGTGCAAAAGTAATTGTGGTTTTTTGCCATTAAAAGTAATGACAATACTGGCAATTACTTTTCCTCCAAACCTGATATT 2 3 3' arm Macaca_mulatta mirbase mir-548 0.000000000006 ptr-mir-548a-1 3e-35 -26.2 ..((((...........((((.(.(((((((((((((((...(((.(((((....))))).))).))).)))))))))))).).)))).))))..... (-26.20)