mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCAAAAACCACAATTTCTTTT AAGTAATTGTGGTTCTTGCCTA AAACAAGTTGTATTAGGTTGGTGCAAAAGTAATTGTGGTTCTTGCCTATAAAAGTAATGGCAAAAACCACAATTTCTTTTGCACCAAACTAATAAAG 2 0 3' arm Macaca_mulatta mirbase mir-548 3e-41 mml-mir-548d 3e-50 -44.9 ..........((((((.((((((((((((.((((((((((.(((((............))))).)))))))))).)))))))))))).))))))... (-44.90)