mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCCGTCCCATAATAAGTGT AGTTATTTTGGGACGGAGGGA TATATACTATTCCTCCGTCCCATAATAAGTGTCTCAACTTTGTAGTAACTCTAGTACAAAGTTGTACTAAGCTTGAGACAGTTATTTTGGGACGGAGGGAGTACTATA GTATTTATCTGTGTCATAAAAAAGTGATATTTACCTATATACTATTCCTCCGTCCCATAATAAGTGTCTCAACTTTGTAGTAACTCTAGTACAAAGTTGTACTAAGCTTGAGACAGTTATTTTGGGACGGAGGGAGTACTATATGGCTCTCGTAGCCGTACGTGTGACCTACTACATACCCTAGCTACTGCATGTATTGTTCTAAAAAAAGGCTAATGCATGTACATGCAGTTAAATAAAATGGGCATCCTGTACAGTAAGCTGGAGTACTTAGCACTGGCTACGTACTCCATGCGATGGATAGATGGATCCCTGGCCTTTGCATGATCCCTGTATTTCATTGTACTGTATAATGTATCATATCTGTTGTTTGTACAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTCGAG 2 0 5' arm Triticum_turgidum_subsp._durum mirnest MIR1122 5e-34 osa-MIR1862e 0.00002 -44.2 ....((((..((((((((((((.(((((.(((((((((((.(((.(((((.........)))))))).))).)))))))).))))).))))))))))))))))..... (-44.2)