mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAAAACCGGCAGTTACTTTTGC AAAAGTAATTGCGAGTTTTACC CCTAGAATGTTACTAGGTTGGTGCAAAAGTAATTGCGAGTTTTACCATTACTTTCAATGGCAAAACCGGCAGTTACTTTTGCACCAACGTAATACTT 3 0 3' arm Macaca_mulatta mirbase mir-548 3e-32 hsa-mir-548a-3 1e-40 -44.1 .......((((((...((((((((((((((((((((..(((((.(((((......))))).)))))..))))))))))))))))))))))))))... (-44.10)