mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAAAACCACAGTTCCTTTTGC AAAAGTAATTGCGGATTTTGC ATTTAGGTTGGTGCAAAAGTAATTGCGGATTTTGCCATTGAAAGTAATGGCCAAAACCACAGTTCCTTTTGCACCAATCTATAGA 4 0 3' arm Macaca_mulatta mirbase mir-548 2e-20 hsa-mir-548aa-2 8e-29 -41.2 ...((((((((((((((((.(((((.((.(((.(((((((....))))))).))).)).))))).)))))))))))))))).... (-41.20)