mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAAAAGTAGCAATTACCTTTGC AAACGTAATTGCAGTTTTTGCC TATTAGGTTGGTGCAAACGTAATTGCAGTTTTTGCCATTACTTTTAAAGGCAAAAGTAGCAATTACCTTTGCACCAACCT 3 0 3' arm Macaca_mulatta mirbase mir-548 2e-20 hsa-mir-548aj-2 1e-18 -43.2 ....(((((((((((((.((((((((..((((((((.(((....))).))))))))..)))))))).))))))))))))) (-43.20)