mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCCATAATG TTATGGGACAGAGGGCGTAGT ATATAATACTCCCTCCGTCCCATAATGTAAGACATTTTTTGACATTACACTAGAGTCAAAAAACGTCTTACGTTATGGGACAGAGGGCGTAGTTAA GAATTCGGCACGAGGGTGTTTGGCCCCTTGTGTTCCACATTTGTTGTGTTCTTGGGGCATGCTTCTAGTTTGTCCAAATGTCTCTTCAAGCATTTCAACCTGATGGTTTTCCAATCATGTTAGCTATTGCCTTGGTCATAGAGAAATTATCTTGAAACGTGTATGCAGTATATGAGTGATTTAGCTTTTGAACAGCAATTTTTAGAGCTATGTTCCCTGTCCTGGCACACTGTAGCTTAGGTTATTCCTATATAATACTCCCTCCGTCCCATAATGTAAGACATTTTTTGACATTACACTAGAGTCAAAAAACGTCTTACGTTATGGGACAGAGGGCGTAGTTAACGTATTCTCAGTTATGAAGCTGTCCACTTCTTTTCTGAAACTATTTCTCAAATGGAGTTCATCATTGTGGGGGATTTTCATGGGAGAAATGCAACGTGTCTTTGGCAATAGCAGTGATGTAAAGTTCCAAACAAC 2 0 5' arm Triticum_turgidum_subsp._durum mirnest MIR1122 2e-20 tae-MIR1130 0.000005 -46.4 ......(((.(((((.(((((((((((((((((.(((((((((.(((...))).))))))))).))))))))))))))))).))))).)))..... (-46.4)