mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTTCTTTACAGAAGGAGTA CTCCCTCTGTAAAGAAATATA CAGAATCTAGCTTCTAAAAGGTACTCCCTCTGTAAAGAAATATAAAAGCGTTTATTAGATCACTGAAGTAGTGATCTAAATGTTCTTATATTTCTTTACAGAAGGAGTAACTTGCTAGATGGCATGTAT GTTAAGAGAATAACTTGAGGTGTGTCTTTTTATCGAGCCAACGAGGCCACACTCTTTATCAGTTAGAAGTATTAGAGTTGCCATCCCGTGAAGTGGGTTAAGGCACATGAAAGGTGAACATGTGGCACAGAATAATGGAATCGGATTCTTTTATCTGGATTGGGTTGTTTATTTTGCACTTTGGCGATGCACCTTGAAAATATTGCACGATTGATCACTAGAGAAAGTTCAGATCAGACTGATATTTAACAATTCACCTTATAAGAATGAAATGGCATGCACACTCTTTACTAACTGATAACTTAGACCAGAGAAGAGAACCAGAATCTAGCTTCTAAAAGGTACTCCCTCTGTAAAGAAATATAAAAGCGTTTATTAGATCACTGAAGTAGTGATCTAAATGTTCTTATATTTCTTTACAGAAGGAGTAACTTGCTAGATGGCATGTATAAGAAAGCAGCTTGAAGTTGGTCATTTTCTTCCTTTTGTCNGTAGCAGTTCTATCGTTTATCTTCATTTTTTCTCTTGTTACCTAAGATTTGCCACAAAGTGGCATTTTTCATTTTCAGGAGCTTACTGAAAATGGATGTTGCTTTCAGGAACCCTTTGTGAGCATTCCCGAAGACAGAATCCGCGAGGCTCTGNAAAGTTGTTCTAGACACAAGAAACCCNCCCCGGTGCTTATTCACTGCAAGCGTGGAAAGCATCGAACTGGCTGGGTTGTTGGATGCTTGAGGAAACTGCAC 1 0 3' arm Triticum_turgidum_subsp._durum mirnest MIR1122 2e-21 tae-MIR1121 7e-18 -51.7 ....(((((((......(((.((((((.(((((((((((((((((.((((((...((((((((((...)))))))))))))))).))))))))))))))))).)))))).))))))))))......... (-51.7)