mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTTCTTTACAGATGGAGCA CTCCCTCCGTAAAGAAATATA AAAAAAGCACTCCCTCCGTAAAGAAATATAATAAAATAATGATCTAAACGTTTTTATATTTCTTTACAGATGGAGCAGATGAG ACCGAAAGATACTCCTGTCGTCCCCGGGATGTCGGTGACCAGCCTGCATCGGTAGATCACATTAATATTGGTTCAGCACTTAATTACAAAAAAGCACTCCCTCCGTAAAGAAATATAATAAAATAATGATCTAAACGTTTTTATATTTCTTTACAGATGGAGCAGATGAGTAGTCTTCAGTGAAATTGATGATTAAGTTTGTGCAGGAGATTCTGGTCTCAGGAAACCTCTGCAGTTTGGACCTTTGGGGTGACCCTTTTAGGCTATGAGTAGGCCATCCAGGTATTTGCGAATTGGTTGTCAAGCAGCCCCAGCATGGGCATGTAAAGAGGGATACAAATTTGGCGCCCCCTGCCTCAATATAAGTGCAAAGCAAACATTGCCTTCCATGCCGGTGTTCTAGATTTTTATATCGCGTCACAGGAATTAAGTAATTGATGGTGTTAAAATAAATATTTCTCGCCGAAGCCAATTTTTGTGCTGCACAAGTTTTATTTGAAAAATAAAAACTGAATAAAGCATGAGATATGCATTTATTGGCATGTTGCACTATATATTAGTTTTTTTAGATGATGACTCTTTTTTTTTCTTCCACTTATGCATTGTTTCCTGATCACACCACGAAAATACTATTGCATAAGAGATAACATTAATGTCCTCAACCGATTCTTTATTTTGTTTGGCTTAATGTTGTAAGACCTTGTGAGAATTTTTCTTCTCTTCTAAAACTTGCAAAAGCGAAGCAATTATTTTGTAGCCTTGTACCTCGGCC 4 0 3' arm Triticum_turgidum_subsp._durum mirnest MIR1122 0.000004 tae-MIR1121 0.000004 -20.2 .........((((.((.((((((((((((((.((................)).)))))))))))))).)).))))........ (-20.2)