mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTCCTAAATA TTTAGAAACGGAGTGAGTACT TTTTGTGTTGTTGCAAGTGTGTGATTATTTATTACTCCCTCCGTTCCTAAATATTTGTCTTTGTGGAGATTTCAATAAGTGACTACATACGTAGCAAAATGAGTGAATCTACATTCTAAAATATGTCTATATACATCCGCATGTGGTAGCCATTTGAAATATCTAAAAAGACAAATATTTAGAAACGGAGTGAGTACTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA GCAAATCACACGGCTGTGACCTCCTTAGTTTTGTGTTGTTGCAAGTGTGTGATTATTTATTACTCCCTCCGTTCCTAAATATTTGTCTTTGTGGAGATTTCAATAAGTGACTACATACGTAGCAAAATGAGTGAATCTACATTCTAAAATATGTCTATATACATCCGCATGTGGTAGCCATTTGAAATATCTAAAAAGACAAATATTTAGAAACGGAGTGAGTACTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGNCCNTTTNNNNNNANNNAATTTNCCCCCCNGGGGNNGGNAANNAANNNTTTTTTTTTNGGGGCCCCNAAAN 2 0 5' arm Triticum_turgidum_subsp._durum mirnest MIR1122 7e-29 tae-MIR1122 1e-20 -60.3 ......((.((((((....)))))).))....(((((.(((((((.((((((((((((((((.((((.(((((((...((.((((((((((((.......(((((......))))).....)))))..............))))))).))...))))))).)))).)))))))))))))))).))))))).)))))............................... (-60.3)