mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGCGGTTCGGTTCGGTTCGG GGATTTAAAGAAACGAATAT ATCGGTTTAATGGATTTAAAGAAACGAATATGTATGTGTGCGGTTCGGTTCGGTTCGGTATCGATC TACGGCCGGGGATTCTAGAATATAGTGTGTTCCGATTAGCACCGCGCCTACCTGCGGCCCAAAGACCGGTTCGAGGACTCAAGCAGTGTGTCTACTCCGGTCTCTATTCCACGCCGATATTTGAAGCAGCTTGCTAAGTTGATAACAATGGAGGCTCAACCCAATGACACAATCTCTACTAAACCTCGAGTTAGAGCCACACTTCGCCTTGGGACCGAAACATATTCTGTTAATGCAATCAAGGGTAACACTGTTTCTGAGCAGTTGGTTTCAATGAAAGAAGAAAGCATGAACATATTGAAGGAGTTTATCACCAAACATAATGTCCCAAACGATGTTCCAGATGAATCAGTCGAAAACTTTTCAGAAGATGATGAGGAAGTCGAAGAGAAGCCAAACTTGAAGTCGAAGAAAACCAAAATAACTTAATGCATTCCTTCCTCTCGGCACAGAGGTAAAACATGTATTACAAGTTCAAAAGTAGGATGTTTTTTTTTTGTAGGTCTTGAAATACTCAAATATTGGGCTACTTTTGCTAGTTCTAGTGCCTACATTCCATACCAAATTCAAGCAGGGGTAATGAGCGATTCGGTTCGGTTCGATCGGTTTAATGGATTTAAAGAAACGAATATGTATGTGTGCGGTTCGGTTCGGTTCGGTATCGATCGG 5 1 3' arm Tropaeolum_majus mirnest 100 100 -13.7 ((((((....((((((.((.(((.((.((((....)))).)).)))..)).))))))..)))))). (-13.7)