mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGATGATGCTGCAGCGGCAA GCGGATGGAGCATCATCAAGA CAAGACACCAGTCACTGTTTGCGGATGGAGCATCATCAAGATTCACAAGTATTGAGACTCAGTGCGTGGTGGTGATGGTGACTTTTGTGGTCCCTTCCACACTCCGATGGCTCTTTGATATGGGAATCTTGATGATGCTGCAGCGGCAATAAATGGCTAATTTTTA AGATACTATTAGCTTTTCTCTTCACATTCTCTCATCTTTTCAAGTTTTTGATTGTGGGTACATGTATAGAGTACCGTAGAATAGCTTTTCTACCAAGTGGGTCTTGTTTATTTCATAAGCTGAGATATGGTTTTGAAGCGTTCTGCTGTCCTTCCTTGCATTTGCCTTTACTTTTTCCTTCATAGAATGTGGTCTTGAGGTTAGGGCTAGGCTCCTTCTTCCTTTACATCTCTTTTTACTCGTTTTCTTTCTTTATTCCTTTACTTTTGCATGGATTCATATGATGAAAGAAGATCTCAAGACACCAGTCACTGTTTGCGGATGGAGCATCATCAAGATTCACAAGTATTGAGACTCAGTGCGTGGTGGTGATGGTGACTTTTGTGGTCCCTTCCACACTCCGATGGCTCTTTGATATGGGAATCTTGATGATGCTGCAGCGGCAATAAATGGCTAATTTTTATATAAATCATCTCCAAAACCACAAAACAGTTG 4 0 3' arm Vitis_shuttleworthii mirnest mir-172 3e-67 vvi-MIR172c 3e-67 -55.2 .........(((((....((((...((.((((((((((((((((.((.((...((((.(((...((.((((..((.((.((((.....)))))).))..)))).)).))).))))..)).)).)))))))))))))))).))...))))....)))))........ (-55.2)