mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGATAAACCTCTGCATCCAG GGAGGCAGCGGTTGATCGATC AGAAAAAGGAGCGAAAGATGCTGGAGGCAGCGGTTGATCGATCTCTTTGTGGGAAATTTTGGAAAAAAAAACTCAAAGCATGAACAGATCGATAAACCTCTGCATCCAGCGGTCGCCACTTCATCACT CGGCACGAGGACTCAGATTCTGGTTGACTTGTTCAAACATCATCACTCGGTTTCCTTCTTTTATGACCACTTTCTGTGTAGATTCATAGATCTTACATGAACTCCAGATCTCAGATTCCTTGTGTCCCAGTTTATCTGCAGATGCATGTGTGTTTCATAGATTTGTTCCACGTTATTATTTTTATTCTTGTCCATGTGCGTCTGTCTTGATTGATGAACCAATGAATATCTAGCATCTATTGTTATTTGTTAATAATAGTGCTTTGTTTTTGACCATTGTTTTTCAGATCTGAGATTTATTGTTTGCTCCAAATCGGGATATTTTTTTTTTTTTCATTTCATTCATTTAAAAAGTTAAATTTAATGAGTTTGTTAGAGGTTGACAAAAAAAAATGAATTTGTTAGAGAAAAAGGAGCGAAAGATGCTGGAGGCAGCGGTTGATCGATCTCTTTGTGGGAAATTTTGGAAAAAAAAACTCAAAGCATGAACAGATCGATAAACCTCTGCATCCAGCGGTCGCCACTTCATCACTCGTACTTTTAATCCGTTTTAAATTTTCAAAGATTACATAATCGTTCTTTTTTTTGTTATTGACTCGATCTATTGTATACGCAACAAATTGGTTTCCTAGTACTTTTGTTTGTTTGTTAATCGAGTATACGTATG 3 0 3' arm Brassica_napus mirnest MIR162_2 8e-18 ath-MIR162a 0.000000000007 -47.5 .((..(((..((((....(((((((.((((.((((.((((((((.((((((.((..((((....))))....))....)))))).)))))))).)))).)))).))))))).))))..)))..))... (-47.5)