mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCATCATCATCATCATCATCA CAGGTGGTGCTGGTGGTGGTT GCTAGTGCAGGTGGTGCTGGTGGTGGTTGGTCACGTCGTGGGTTAGTCCTTTGCTTTGGTCCTTCGACACAGAGGAGGTGTGAAGTCCAAGCAAAGACTTTTCCTGTGATGTGTATGAAAGCCATCTACTGTTGCAGAGTCTTGTTAGTGATAGGACCTGCGTGCACCGGTTGCATGCTGACCATCATCATCATCATCATCATCATCATCA GGCGGCAAGGTGTGGCGCAGCGAGCGCAGCTCCTACAGCTTCAGCCGCGCCTTCACACTTCCGGAGAACGCCAACGCCGAGGACATCAGCGCCTCCATCAACAAGGGCGTGCTCAGGGTGACGGTGCCCAAGAAGGAGCCGCCGGCAAAGAAGGAGCCAAAGCGAATTGCGGTGAAGAGCGCACTGTGATGGGCATTGAAGGGTCGAGCGACGAACGATGACTGATCTATCTATCTATCTGTTAGTGGCAAAATGGCTTTGGGGATAAGTTATCAGGAACAACGATATGGGGCTTTGTGATCTTTGTATTGGCCCGGCGTCATCCAGGCCGTTGCTTTCTCGCCATCGTGCTGGGTGGTTAGCCGGTAGGTTGGTGGGAATGTTGGAGCTTGTGTCGGCGCACGTGTGCGTGCAGAAATGGACTACAGACATTATTGGCCGTAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGTAGCTGGTGCTTGAAAATGGATGCTGCATCTCAGGACGGGACAGGGAAGAGAGATGTTGCCGCACTGGTATCGGTATCGGTGTGGACGAGCACACTGAGTGCTACTGCTAGCTAGTGCAGGTGGTGCTGGTGGTGGTTGGTCACGTCGTGGGTTAGTCCTTTGCTTTGGTCCTTCGACACAGAGGAGGTGTGAAGTCCAAGCAAAGACTTTTCCTGTGATGTGTATGAAAGCCATCTACTGTTGCAGAGTCTTGTTAGTGATAGGACCTGCGTGCACCGGTTGCATGCTGACCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCGTTTGCAGGTAGTTAGGCTGGCTTATGTTGGTTCATATTGTAGTTTTGCGTCGGCAGGGTCGGCGCCGTCGTGACAAGTTGAAGGACAACGAACGGAACGGAAAGCGGAAACCTCATGAATGCCGTACATCATATTGCACAAACGAATGCTGCTGACTCTTTGAAATCTTTTGTAACGGGACGTTCGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGC 5 0 3' arm Volvox_carteri mirnest 100 100 -74.2 ((....)).(((((((.(((((((((((((((((((((((((..((((.(((((((.((..((((.((((.......)))))))).)))))))))))))...))))))))))).(((..((((......(((.((((.((((((((...))))))))))))..)))..)))).))))))))))))))))).)))))))............. (-74.2)