mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCAATTGTTGCCTCAAGCTC GTATAAGGCAGCAATTGCATA GAGATTTCAGTTAATGCAAAAGAAGGCAGCACGTATAAGGCAGCAATTGCATAACTTGTTATGTGCGCTGCCTTAGTTTCTTGCAATTGTTGCCTCAAGCTCGTTGCCTCCCTTTGCTAAAACTGTGAGTA TGAGATTTCAGTTAATGCAAAAGAAGGCAGCACGTATAAGGCAGCAATTGCATAACTTGTTATGTGCGCTGCCTTAGTTTCTTGCAATTGTTGCCTCAAGCTCGTTGCCTCCCTTTGCTAAAACTGTGAGTATAAATTTTTAGGGTTCTTGAAATTTTGAGCAAAAGTCAGTAGGATATCTCTTCTTTTTTTTAAAAACCATCCAGGGGCATTCCACTTTAGTTTTTTATTGAAAGTACGTTCTACTTTACTTTTTAATTATATATAATTATTCAATTATTCTCTAATATTGTTCTGTATTTATCTCTTGTTCAAATGAATCGATCGGGTGCGTTGTAACAGTTACGATTTTGTAACTGCTATGTGAATTTATGTTCATGTTGTAGTAGTTACGAAATCGTAATTGCTACAACATAAATTCTTATCATTCTTATTTATATTGTAGCAGTTACGGTTTTGTAGTTGCACAATGTAAATTTCTATCATTTTTGTTCACGTTATAGTAGTTATGTAGTTGTTATAATACGTCCAATCAATTTAGAAATTAAGTGGGAGATAATAGGACTACTAGAGGATAATTGAGTAATTATATACAATTAAATAATAGGATGAGTAATCTTTTTGATAAAAAATCAAAATGAGTCTTGTGATTTGAAAAAAAAAAAATGCCTTTGTAAATATCTCAGAAAATAAACATTCAAATGGTGAATTACATCTTTATCTTATGGATTCAAATTTGCCATTCACATAAACAAAAAATGTAGAAAAACGGGGGAAATAATCATCTAAAATTTCAAATTAGTAGGCATAAAAACAATTGCTTGAAATGC 5 0 3' arm Zingiber_officinale mirnest MIR444 0.00003 tae-MIR444 0.0004 -40.7 ....((.(((((...(((((...(((((((..((...((((((((((((((.((((.((..........))...))))...))))))))))))))...))..)))))))...)))))...))))).))... (-40.7)