mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCAGCAGCAGAAGCAGCAG GCTGCTGCTGCTGCTGACGCC CGGTTCCCGAAGTGGTGGGGGTTGCAGCAGCAGAAGCAGCAGCGCGATTGCTTCTTGTTAGTTTCCTCCGGAACGGAAGAGATGATTTCCAAATGGACGAAAAGAAACCACCACCACGATGATGATGATGATGATGAGTTGTTGCTGTTGCCATACATCGACTAGGTAACGCTGCCGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGACGCCATCGCCATTGGTGGTGAA GCCCCATATAGAAAAGGCCTGCCGCCAGCCTCTCTCATACAGGAATGATACTAAAGGTGACCTAAAAAGCTCAGAAGAGGGTGGGACAAATTCAGTGTATTTGTTGGAGGTGCTAGTTACCGTTAGATCAAGATGGGTTCCATTAGCACTACCAGTGTAAGACTTTTTACAGGTGATGCAGTTTAAGACGGACGTAGGTGTAGCATCCAGTGATAAAACTGGATGAGGATTCCATGTTAGCATGTGATGACAAATGGGACAAGCCAGCACTTGGCTCTTTGCGTTTGCTTGATTTTCGTTTAAAGCGGTTCCCGAAGTGGTGGGGGTTGCAGCAGCAGAAGCAGCAGCGCGATTGCTTCTTGTTAGTTTCCTCCGGAACGGAAGAGATGATTTCCAAATGGACGAAAAGAAACCACCACCACGATGATGATGATGATGATGAGTTGTTGCTGTTGCCATACATCGACTAGGTAACGCTGCCGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGACGCCATCGCCATTGGTGGTGAAGCAGAAGGAGTATCACTGCTTCGTCG 3 0 5' arm Zinnia_violacea mirnest 100 100 -76.9 ...((((((.((((((((.(((..(((((((((.((((((((((((...(((((((.((.(((((.((((...)))).)))))....(((....))).)).)))))...(((....((((((((.(((((.((((.....)))).))))).))).)))))....)))...))...))).))))))))).)))))))))..))).))))))))..))).))) (-76.9)