mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATCATGTTCGTAGTTTCACC TGAAGCTGCCAGCATGATCTA TATGGTGCACCGGCATCTGATGAAGCTGCCAGCATGATCTAGTTAACTTTATTTCTCCGTTGTTTATCCATGACAATGGAAAAGGGATAAGTGTCGATTAGATCATGTTCGTAGTTTCACCCGTTGACTGTCGCACCC GGAGACCGACTACACGATAAAACCCTAGCTGCATAAAATTAATTGATTTTTTTCCATAAGTTCTCTCTCTTTTTCTAGATCTGATATGATGAAGTGTATGGTGCACCGGCATCTGATGAAGCTGCCAGCATGATCTAGTTAACTTTATTTCTCCGTTGTTTATCCATGACAATGGAAAAGGGATAAGTGTCGATTAGATCATGTTCGTAGTTTCACCCGTTGACTGTCGCACCCTTAAACCCTAATTTCCATCTTTAATTCCATCTGAAATTTCACAGTAGATTTTCTATCTTTTGGTGTTTGAATTTTAAAACTCTTTTTATCTGATTTGGGAGATTAATCCACTTTTCTGTATGTGTGTGTATTTGCGCATAGGGATCCAAGGTTTTTAAAAAAAATGTTAGGGTTATAATTGCTTGCGTTATTCTATAGAAAACTCTAAATCGTCCAAATTATAGCAAATTGAGATGAAAAACTCTATTTACTTGGAATCTCAAGAGAGTCTCCCAACTTCTTTTCACAATTATCTTTTAAGAAAATTTCTGGTTTGTTTATTTTATTAGTTTGGCTAGGGCTTCTGGGGAAGTTGAAAGAAGTTTTACACACGATTTATGCATATCTCTTCGAGAATCTATATATATATAACTAGAGATTTATGAAGTTA 3 0 3' arm Brassica_napus mirnest MIR167_1 7e-65 bra-MIR167a 6e-71 -50.9 ...(((((..(((((.....(((((((((.((((((((((((((.(((((((((((((((((((.......)))))))))...)))))))).)).)))))))))))))).))))))))).....)).)))..))))). (-50.9)