mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCGGTTCAATAAAGCTGTGG ACAGCTTTCTTGAACTGCATC AAATGAGTGAATGGCCCTCTTTGTATTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATCTCTTAGATTTGTTTTTGCATGCCACGGTTTCTGGCTGGACGACTTGTGGATTTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATACAGACAGGGTCAGGGAAGTTCT GATACCTACTACACAACCTACGCTATACAAACCCTCTGCTCCTCCTTTTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTTTGGGCTTAGCTTGCCCGTCAATTCTCTGTGATTTCTTGTCTCTAGGGTTTTATGGGAAGGAGGATTTGGATCTTCAGAGAAAAATCAAATCTTTGTTGATTTTTCTATTATGGGTTTTTGACAAATGAGTGAATGGCCCTCTTTGTATTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATCTCTTAGATTTGTTTTTGCATGCCACGGTTTCTGGCTGGACGACTTGTGGATTTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATACAGACAGGGTCAGGGAAGTTCTGATCTGCATCCGGTTCCCTATCTATTGGTTATTTGATAGCTATTCTGTTCAGTTAGTTGCTTTATTGCTTAATTAATGTATTGGATCCGTTTGATTTCTGATTTACTAATCGTTCTATAGTCATCAGCGTTCAACCCACCA 1 0 3' arm Bruguiera_gymnorhiza mirnest MIR396 0.0000000000002 tcc-MIR396b 6e-16 -64.9 ...........(((((((.((((((((.((((((((((((.((((((((((..(((..((.((((((......((((.......)))).)))))).))..)))..)))))))))).)))))))))))).)))))))).))))))).(((...))) (-64.9)