mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTTGGTTGCTGAGAAAG TTAAGCAATCAGACACAGA TTCCTGTTTGGAGTTTTTGGATTTGTTTGGTTGCTGAGAAAGTTGAAAGAGAAGTTCATATGAATGGATGAAATCTCGCAAATATGCTCGATGGGCGGGTACGGTGATTACTCGAGCATCGTTCTTCTCATTTTATGATCATCAAGATTTTGGGGTTTAAGCAATCAGACACAGACAAATATTCTTTGATTCT TCGGGAAAGGCCCGGGGGATTCGGGCCATTACGGGCGGGGATGCTATAATTTTTATATTCATTCCTAACTTTTTGCTAACTACCCATCAATCTCCATCTCTCATATACCAACCTCTGAAACTTAGAAAAAAGGAATCGGATAAAAAAATTATACAATCATTTCCATCCTTGAGAAGGCTATCTGATCCACCAACAATGGCGAAGAGTAACTTATCATTGCTTGGCCGCCTAAGGGCGGCGGTGAAGAAGGTGAAGTTCTTGCTCAACTTCAATGTCAATCGTTGGCGTCTAGCTTCAATAATCGGCGCGTCGTCGAGCAAGCGCCGGCTGAGCTTCAACGACAACAAGCCTGGCTTAAGGGCATATGTCGAGTTCGATACCGACTCCGATGAATCATATTCTCCGGCAAGCGGACTTTACAGAACCACAAGCTACCAGTCCGAGGATGATATTGATAAGAAAGCCGAAATGTTTATTGCTAATTTCTACCGACAACTTCGGATTGAGAGACAGATTTCTTTGGATCTCAGGTACTGTCGGGGGAACAGCTTTAATAATTACATGTCTCCGTAACCCATCTGTCTTTTTTTGAAAATCTTTGAAGATTGTTGCCTACGAATATACGAATCAGGTTTCGTTTGATTGGTAAGTAAGAAAAATCATCAGGGGTGCTCGATGTTTTAATTCGGGTGATGGGGGAGCCTTTGACTTTTATTAAAGGGTTTCCTGTTTGGAGTTTTTGGATTTGTTTGGTTGCTGAGAAAGTTGAAAGAGAAGTTCATATGAATGGATGAAATCTCGCAAATATGCTCGATGGGCGGGTACGGTGATTACTCGAGCATCGTTCTTCTCATTTTATGATCATCAAGATTTTGGGGTTTAAGCAATCAGACACAGACAAATATTCTTTGATTCTTGGTATCTACTACATATTCTTTAATTTGTGGTTTTTTGGATTTCTGAACAAGTTCATGTAATCTTTTTTCCATATTGCTCGAATAAAATAAATTCAATTGAAAAAACAAAAACAAAGGGCTCCTCGAGCCCTCGAAAAGTCTGTTTCTAGACGAGTT 4 2 5' arm Carica_papaya mirnest 100 100 -45.6 .....(((.(((((.((((....((((((((((((...(((.(((...((((..(((((........))))).)))).)))...(((((...)))))((.((((((.((....)).)))))).))(((((..((.(((...))).))...)))))))).))))))))))))....)))).)))))..)))... (-45.6)