mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGCATTGAAGGTGGCATCTA GATCAGCTGCTTTTCTTGCTACG TATGGTTTTATGGATCAGCTGCTTTTCTTGCTACGCAATGGAGATGTTTCAGTTCAAGAACTGGCATTGAAGGTGGCATCTAGGCTATGTG CTTGCCTAAATTGTGTGGAATCGTAGGTGGGAGAATTGCTTGTGTCTGCTTGTAGGGGTACTGAAAAATCTTGTGGGTGTTGAATAAATCAAGAGATTTATGGTTGAAGAAGGTGCAATCTCAACCTTTATCAAGCTTGCAAGATCAAAAGATGAAACTGTCCAGGTCAATTCAATAGAATTCCTTCAAAATATTGCTTCTGGTGATGACACAATTCGTCAAATGGTGGTTAAAGATGGAGGTTGCAGAGCATTAGTCCGTACTTTGGATCCAAAATCAATCTTATCTTCCAAAACCAGGGAGACAGCATTGAGAGCTATCGAGAACTTGTGTTTCTCTTCAACCTCTAGCATAAATCTTTTGATGAGTTATGGTTTTATGGATCAGCTGCTTTTCTTGCTACGCAATGGAGATGTTTCAGTTCAAGAACTGGCATTGAAGGTGGCATCTAGGCTATGTGGGCACATCTGAGGAGGTCAAAAAAAACCATGGGAGATTCTGGTTTTTATGCATGAATTTGTTAGATTTCTTGATGCAAAATCTTTTGAGGGTGGCGTGGAATGGCAAGTTGAGGCACTTTTATGGGCATGGTTTTCGATTTCAAAAGAATCCAAAAAAGATTTGCTTCAAGATGATCGAAACATTAGCTATCTCCTCCAGTTTCTGGATCAAGAGAGGGAAACTTCAGGTAACAAAAAGCTCCTAATCTCTATATTAATGTCATTAACAAGCTGCAATAGTGCAAGAAGAAAGATTGCAACCTCTGGTTATCTTAAAGGCATAGAAAACTTGCAGAAGCTGAGTTTCTGATGCTAAGAGACTTGTCAGGAAGTTGTCTAAAAACAAATTCCGTAGTATGTTCAGTGGAATCTGGCATTGATGAATCTTCTTTTTTTTGTATTACTGTATATTTACAGATAAATGTTTACTAGTCTCCTCTGCTCTAAATATCATATATTTTCCCCCTTTT 2 2 3' arm Carica_papaya mirnest 100 100 -21.4 (((((((...(((((..(((((((((..(((((.......(((.((...)).)))......)))))..))))))))))))))))))))).. (-21.4)