mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTTGCGCTATCCATCCTGAG CAGGAGGGATAGCGCCATGG AAAGTAGAGAAGAATCTGTTAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCATGGCGGGTCTTGAATCTTGATCTTCATTTGCGCTATCCATCCTGAGTTTCACTGCTTCTTCTTACTCT AGAATTTTATTTCAGTCGGCTGCCGGGATCGGCCATTACGGCCGGGGCCCCACTTCTCTCTCAACAAACTCTTTTCACTCTCTTAGGTTTCTCTGTGTTGAGGATGATGATATAGAACTAAGAAAAAGTAGAGAAGAATCTGTTAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCATGGCGGGTCTTGAATCTTGATCTTCATTTGCGCTATCCATCCTGAGTTTCACTGCTTCTTCTTACTCTCTCAGCCTCTAACCTGCAGATTCTTATTTGGGCTATAATATCTCCACGTCTCCACCACAATTTCATTCCACAACTCTCATTATTATTCATGGTTGTCTGTGTTGGTTAGCAACTTCAAAATTCGAGAGAAAACCCATAAACATCTTGGCAATTAAAGATGTAAAAAGACAAGTAATAGAGTAAGATAGAAGAAGAAGAGGAAGAAGAGAAATGAGAAACCCATCATAATGTTGAAGATTATGAAAGATAGATTTTGTACTTTTGGTACTGTATGACATTGAATGAGAAACGAATGAGCGTCATGTGAAGTGTTATAATTGCCTCTGCCTTGGGGGGTTAATCCATGCAAAATAATATCTCATTAATGTTTCCCATGAGTACTTTAATGGGGGGTTTTGTTAAACTAATGAAGGAAGCTTCAAGTATATAAGCCAAAGGGAGACAAGAGATGAGTTGCAGCAGCCGGAAGTCAAGCAAAAGGGTTTCTCCTCTTGTAGTTTGAGCCTATATAAAACGCTCTAAATCTTCACGTGCCTTACTTGTTAAATCATTTTTCTTTTTATAATATCTAAACTTGTAGTATTAATGAAGTTTATACAATGTATTAATAGATGAATTTATTATTTTAAAAGATAAGACAGTAGCGCCATGCGATCAGATATAACATAATGAAAAAGATTGTGAGATATATATTAAGAATAAGAGACAGGATATATCCTATCTTTTAAAAAAATTGGGGGGGTGTGCGGTTAAAAATTTTTCAAAACACTCTGGTGGGGGGCGCGGCCGGAAAGATGAACGGCTCTACGGGGCTA 2 1 3' arm Carica_papaya mirnest MIR390 4e-50 csi-MIR390 1e-16 -44.8 ......((((((((...((.((((((((((.(((((((((.((((.(((((.........)))))))))..))))))))).)))))))))).))...))))))))..... (-44.8)