mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGTGCAGCATTGATGATT CTTCATTGATGACTGCTTCAACG AGAGCTCCTCGTTGAGTGCAGCATTGATGATTCGAAGCATGTAGGTCTTGCCGGATTCTACTGTTAGTGTGTAGCCTCGCAAATAATTAAGCATCTTCATCATTCTGCTGTATGAAAAAAAACGTGACTGATTAACCATGAAAACTGCAACTATAAGATGTATATATGAGTACTCTTGTGATGAGCAGCTTGGGACAGGCCCTGGCAAGCCATTGATGGTACGAGCGTCAGGGACTTTAGGGGCGAACCCTGACTTTCAGATCTTCATTGATGACTGCTTCAACGTCGGATTT CGCGGGAATGACGGGGTATCGGGCCATTACGGCCGGGCCGAAGATGATGGTATCTGTCTTTAAGGGCTTGGTGGTATAACTTTGCATCAACTTCAATGATGGTGAGTTTGTGACCAGTGATCTTGGAAAAGAGCTCCTCGTTGAGTGCAGCATTGATGATTCGAAGCATGTAGGTCTTGCCGGATTCTACTGTTAGTGTGTAGCCTCGCAAATAATTAAGCATCTTCATCATTCTGCTGTATGAAAAAAAACGTGACTGATTAACCATGAAAACTGCAACTATAAGATGTATATATGAGTACTCTTGTGATGAGCAGCTTGGGACAGGCCCTGGCAAGCCATTGATGGTACGAGCGTCAGGGACTTTAGGGGCGAACCCTGACTTTCAGATCTTCATTGATGACTGCTTCAACGTCGGATTTTCACTGTTCACCTACACAGAAGAACAAAATTCAACTTTCAACCGATTACTCAGGTCTTTCCCGGCCCTTTTTACCTCTAACAATAAGTAACTAAGCCGATCACGACTTCCTTCTGAGGTTTAGGGAAATGATTAAGGGACACCAAGCTTGGGCAAGATGACAATGCCACCAAAGAGTTCGTCGTTGACCTGTGACTGAAATTGTACCCATAAGTTATTGCTCTGGCTGGATTGGACATTGCGTTTATACGCAAGGCCCATTTTGCCCAAACAGGTCTCAGATGCCCGATCCCCATGCCTGC 1 2 5' arm Carica_papaya mirnest 100 100 -70.9 .....(((.(((((((.(((((((((((((.((((((......((((((...((.((.(((((((((((.((.(((..((......((((((...((((((((..(((..((((......................))))......))).....((((.((((......))))))))))))))))..)))))).....))...)))..))))))))))))).))...)).))))))((((((.....)))))).)))).))...))))))))).)))))))))))..)))... (-70.9)