mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCCAAATTA TTTTTGGACGAGGAAGTATT ATGTATTTACTACTCCCTCCGTCCCAAATTATCCGTCTCAAATTTTCTAATTTAATTTCTCGTTTTACTTGTCTTTTTTCATTAATCAAGAAGAAATAATTTTTTTTCATGTTTTATCCTTTGCATTAATTACTTTTACTTCAAATTAAAATATAAACATCATTTAATAGGGGTACTATGTTAAATTAATCATGTTATTAATTATTTTTCTTAATTAATGTGTCATCTCAATTTGGGACGAATATTTTTGGACGAGGAAGTATTTGTGAAT TTCGGCCCGAGGGCAAGACGAATTGATCAACAAAAAGTTATAGGTAGTCAAATAAAATATGCGAATTTAGGATTTAAATTTATTGATTTGAATCTTTAAAGTTTTAAGCACTAAATTTTTATCAGTGATAGAATTAGAAATTTCTATCAATGGAATTTGATATTTCTAGTGTCCCACTTAAGAATTGTATCATTATCCAGCTAAAATTTAACTTTTAATCTTTAATGTATTTACTACTCCCTCCGTCCCAAATTATCCGTCTCAAATTTTCTAATTTAATTTCTCGTTTTACTTGTCTTTTTTCATTAATCAAGAAGAAATAATTTTTTTTCATGTTTTATCCTTTGCATTAATTACTTTTACTTCAAATTAAAATATAAACATCATTTAATAGGGGTACTATGTTAAATTAATCATGTTATTAATTATTTTTCTTAATTAATGTGTCATCTCAATTTGGGACGAATATTTTTGGACGAGGAAGTATTTGTGAATTAATCCAAGATTCCAATATATATAAATATACTCAACTCATTTATGTGTAAAGTAATTAAGTATAACATAAATATATGTCTTTTGCATATTTTTATTATCTTTTTTTCTCCTGCTTTCATCTCTGTCAAGACTTGATAATTGATATATATTTTGCATTAAAAAATTAACCATATCTTTTCGATTTTGTCCATGTAGCTCCGGGCTGCCATCAACT 3 1 5' arm Capsicum_annuum mirnest 100 ssp-MIR1128 0.0002 -47.1 ....((((((((((.((((.((((.(((.(((.((((((((((..........................((........(((((((.(((((.((((((((......((((..(((...((.((((....((((((((.............................))))))))..)))).))..))).)))).....))))))))))))).)))))))........)))))))))))).))).))).)))))))).))))...)))))) (-47.1)