mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACTG GTTCAATAAAGCTGTGGGAAG TTGTGTACAAAATGACTCTTTTTGTACTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATAAATCAAAATTTTAATTCTTTTTTTTTTTTGGTTAAGATGAAGAGAATTAATTAAAATTTTTGGGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATACATATAGAGTCAACAGCATATAT TTTGTGTACAAAATGACTCTTTTTGTACTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATAAATCAAAATTTTAATTCTTTTTTTTTTTTGGTTAAGATGAAGAGAATTAATTAAAATTTTTGGGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATACATATAGAGTCAACAGCATATATATTTTTATTCTTTTTATTATTCAAAAATTATAATTAGCAGATTTGATTATTATTATTATTATTATTATTACTTCATGGTGAATTGATGATCTTGTTGAAGATGTTTCTGAAGGACTTTTCATCGAAAATTGAATATATTTTATGGTGATATAAATAGGTAATTCTTTTAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGTTTATATTGAATTCTTTGACTTTTTTTCTATATATCTAACTTTTTATATTTTTGGATTTTATTAGTGAAATTCATGATTCTGCTTATTAGATCTATTATTGTGTGTACATATATCAATTCTTTATATATTGAATTGAATTTCATTAGTGAAAATTCTGAATGAGAAATTATTATTGGTGAGTT 2 0 5' arm Capsicum_annuum mirnest MIR396 4.0E-8 gma-MIR396a 9.0E-12 -54.8 .(((((......(((((((...((((.((((((((((((((.(((((((.((.((((.......((((((((((((.((((......)))).)))))))))))).....)))).)).))))))).)))))))))))))).))))...)))))))...)))))... (-54.8)