mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGGGTTCAATAAAGCTGTGG ACAGCTTTCTTGAACTGCATA TGTGTACAAAATGACTCTTTTTGTACTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATAAATCAAAATTTTAATTCTTTTTTTTTTTTGGTTAAGATGAAGAGAATTAATTAAAATTTTTGGGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATACATATAGAGTCAACAGCATATA TTTGTGTACAAAATGACTCTTTTTGTACTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATAAATCAAAATTTTAATTCTTTTTTTTTTTTGGTTAAGATGAAGAGAATTAATTAAAATTTTTGGGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATACATATAGAGTCAACAGCATATATATTTTTATTCTTTTTATTATTCAAAAATTATAATTAGCAGATTTGATTATTATTATTATTATTATTATTACTTCATGGTGAATTGATGATCTTGTTGAAGATGTTTCTGAAGGACTTTTCATCGAAAATTGAATATATTTTATGGTGATATAAATAGGTAATTCTTTTAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGTTTATATTGAATTCTTTGACTTTTTTTCTATATATCTAACTTTTTATATTTTTGGATTTTATTAGTGAAATTCATGATTCTGCTTATTAGATCTATTATTGTGTGTACATATATCAATTCTTTATATATTGAATTGAATTTCATTAGTGAAAATTCTGAATGAGAAATTATTATTGGTGAGTT 2 0 3' arm Capsicum_annuum mirnest MIR396 0.00000004 gma-MIR396a 0.000000000009 -54.6 .((((......(((((((...((((.((((((((((((((.(((((((.((.((((.......((((((((((((.((((......)))).)))))))))))).....)))).)).))))))).)))))))))))))).))))...)))))))...))))... (-54.6)