mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAATACTTCCTCCGTCCCATT TGGGACGGATAGAGTAGTATA AAATCATAATCAAATACTTCCTCCGTCCCATTTTACTTGTTCTATTTTACTTATCAAGCCAAGACAATTTTTTTTTCATTATACCTTTAGTGTAATTGATTACTCCTTATTATTAGCATTCTTGAAAAATATTGTAAAGAGTAGTACCGTTAAAAATATATTATTAATTTTTTTTTGTGTTTTGATATTAGTCATCCATTAATATTGAAACTAACAATAAGACACAATTAAGAGGGGTAAAGTGATAAAGTTATATTATCAATCATTGTTTTTAATAACTGTGTCATTTCAATTTGAGACGAATAAAATGGGACGGATAGAGTAGTATACTATTTAT GCACGAGGGGTTAACACGTTAAAAATATGTAAGGAGGGTGACGGGTAAAGACTTTTTTCAGTTTTAGATAAAGTAAAGTAATTAACGTTTATTTTGTTTACTTGTCGTAGCTCAGTGAAATTCATAGATATTTCAAAAAGAAATACAGTACATCATATATGAAGTTAAGTTGAAGAAGTAGATGCATTCGAAAATTAAAGTCGTGCTTCTACGTGCATTTAACTTAAGAAAATGTCAAATTTTTGTGGGGAGTAGATATTTTCCATTGAAAAACTGATCACACCCACTTTTTCAAATTTAAAACTCATTGTGAGAAAAAAAGCAAATCATAATCAAATACTTCCTCCGTCCCATTTTACTTGTTCTATTTTACTTATCAAGCCAAGACAATTTTTTTTTCATTATACCTTTAGTGTAATTGATTACTCCTTATTATTAGCATTCTTGAAAAATATTGTAAAGAGTAGTACCGTTAAAAATATATTATTAATTTTTTTTTGTGTTTTGATATTAGTCATCCATTAATATTGAAACTAACAATAAGACACAATTAAGAGGGGTAAAGTGATAAAGTTATATTATCAATCATTGTTTTTAATAACTGTGTCATTTCAATTTGAGACGAATAAAATGGGACGGATAGAGTAGTATACTATTTATAAAAAATATAGGTCACTTTGAGACCCGTGCACATAAT 5 0 5' arm Capsicum_annuum mirnest 100 100 -62.7 ..............(((((..((((((((((((((.(((((............(((((....((((.(..((((.(((((.(((((((....(((((((((((((.((((((((..((....))...))))..)))).)))))))...(((((.((....)).))))).((((.((((((((((((((((((.....))))))))))))))..)))).))))..))))))..))))))).))))).))))..)(((((.(((...)))....)))))....)))).......)))))))))).))))))))))))))..)))))............. (-62.7)