mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGATAAACCTCTGCGTCCAG GGAGTCAGCGGTTCATCGATC GTTTGAATTTGTGCGTTTGGTGGAGTTCATTGGAGTCAGCGGTTCATCGATCAGTTCCTCTAACAAACATACGAACAAGGGGGAGAAAGAGAGAGGAATCGATCGATAAACCTCTGCGTCCAGTGTCCACCCCTGCCGTGCCTTTCCCCAA GGGGGCCTTTTGCTATAACAGTCAAACAAATGTGTGTGTGTCAGTGTGTGTGAGAGATGGAGAGAGAAGAGAGAGAGAGAAAGACGAAGAGCGATCAAACGTACGTTAATGGCGGACTACAATCCTTCTGGTTCGTCCATTTCTTCTCTACACAATTAACTATTATTTTATAGCTTTATAGCGATTCACGATGACGATATATATATATACACGTATCTGCAGTTCTGTACGTATATTTTATACATCAAGAGTTGCAGATCTGAATTTTTCTGAGATCGTTTGGATGAAATCTTCGTTATTTGTTGATTGATTATGGTTTGAATTTGTGCGTTTGGTGGAGTTCATTGGAGTCAGCGGTTCATCGATCAGTTCCTCTAACAAACATACGAACAAGGGGGAGAAAGAGAGAGGAATCGATCGATAAACCTCTGCGTCCAGTGTCCACCCCTGCCGTGCCTTTCCCCAAGTCTGGTCAAAAAACTGTGGTTGGGCTCTAGGTCCATCGTAAGCTGGGCTGGGATAGTGGGGATGCCTGATACCGCTGGGGAGGCGTGTGTGCATGTGTTTGTGTTCATGGTAAGTCGTTCATTGGTTCGATGCTGCCATGCCTTCCGAAATAAAATAATCGTTTTTTTGTTTCTAATTGATGATTGTTTCATTGATTTCGTTCTTGTTTTTGTTTCCTACTTAATGAATTTTACAAAAACTGGATCTTGTTTTTTATTTCCTAAATGAATCTCGTGAACTTTAGGAAGAAATTGTAGATTGTGACAGATTTGAAGGTAGAATATTTGATTAAATTTGT 4 0 3' arm Carthamus_tinctorius mirnest MIR162_2 0.000002 osa-MIR162a 0.0000001 -46.9 ....(((...(((((...((((((...(((((((..(((.((((.(((((((.((((((((..............................)))))))).))))))).)))).)))..))))))))))))).....)))))..)))..... (-46.9)