mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGATAAACCTCTGCATCCAG GGAGTCAGCGGTTCATCGATC TGTGCGTTTGGTGGAGTTCATTGGAGTCAGCGGTTCATCGATCAGTTCCTCTAACAAACATACGAACAAGGGGGAGAAAGAGAGAGGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGTGTCCACCCCTGCCGTGCC AGAGAAGACGAAGAGCGATCAAACGTACGTTAATGGCGGACCACAATCCTTCTGGTTCGTCCATTTCTTCTCTACACAATTAACTGTTATTTTATAGCTTTATAGCGATTCACGATGACCATATATATATATATACACGTATCTGCAGTTCTGTACGTATATTTTATACGTCAAGAGTTGCAGATCTGAATTTTTCTGAGATCGTTTGGATGAAATCTTCGTTATTTGTTGATTGATTATGGTTTGAATTTGTGCGTTTGGTGGAGTTCATTGGAGTCAGCGGTTCATCGATCAGTTCCTCTAACAAACATACGAACAAGGGGGAGAAAGAGAGAGGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGTGTCCACCCCTGCCGTGCCTTTCCCCAAGTCTGGTCAAAAAACTGTGGTTGGGCTCTAGGTCCATCGAAAGCTGGGCTGGGATAGTGGGGATGCCTGATACCGCTGGGGAGGCGTGTGTGCATGTGTTTGTGTTCATGGTAAGTCGTTCATTGGTTCGATGCTGCCATGCCTTCCGAAATAAAATAATCGTTTTTTTGTTTCTAATTGATGATTGTTTCATTGATTTCGTTCTTGTTTTTGTTTCCTACTTAATGAATTTTACAAAAACTGGTTCTTGTTTTTTTTTTCCTAAATGAATCTCGTGAACTTTAGGAAGAAATTTGTAGATTGTGACAGATTTGAAGGTAGAATATTTGATTAAATTTGTTATATAATGATTCTATATTCATTTTGAAGATATTCGATTG 4 0 3' arm Carthamus_tinctorius mirnest MIR162_2 8.0E-9 osa-MIR162a 4.0E-10 -47 .(((((...((((((...(((((((..(((.((((.(((((((.((((((((..............................)))))))).))))))).)))).)))..))))))))))))).....))))). (-47)