mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGACAGAAGAGAGTGAGCACA TGCTCACTGCTCTATCTGTCACC GTAGTAGTAAAAGTAGTACTTGTTTGGGAGAGAGATAGAGCTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAAAGGCAAATTATACCCAAGAGTCTTGTATGATTGTTTTGGGTGCTCACTGCTCTATCTGTCACCTTCATCCTCCCTTTTATAATTTCTACTTGTTTTTTTGA CATCTGCCTCATCGCATGTTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTTAATCCCATCATCAAACCAAGTACACCAAGTACTCAATAATACCCCTTATCATATATACCATTCAGACAGTTTTGGTACCAGTGATGCCTAATAGCTTGTTTTGTGGGTTGTTTCTTTTTTTCCATTTTTAGGTGACCTCCAAACCCTAAATGGGTATTTTTGGTTTCAGATCTGACTTTGAAATCATCCCCTTTCTTGATTTCTTTTGCCTTTATTTCATGCATTTTGGTTTTTATTTACCCTATTTGGGAAAGTAGTAGTAAAAGTAGTACTTGTTTGGGAGAGAGATAGAGCTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAAAGGCAAATTATACCCAAGAGTCTTGTATGATTGTTTTGGGTGCTCACTGCTCTATCTGTCACCTTCATCCTCCCTTTTATAATTTCTACTTGTTTTTTTGAGTTATGTGTATTGGGTTTCTTAATCATAAAGCAACAACTTAACAACATATATATATATAGGTTAATTATATATATTATACTTTGGTCTTCTTGTGATCTGTTTGTTTGTCAAAATTAGACATTCTTTTTGTGTGTTTTGGTTGGATTTATTGGGAAAAATGAATGATATTGATGGGGGGTGGTTGAAGAAAACACACCTGATATGATCTCTTGTTTATTTTGGGATTTCAATAAATAAATAAAATAATAGCTAGCTATTTGCAAATTGTAATTGAA 1 2 5' arm Carthamus_tinctorius mirnest mir-156 3.0E-9 ath-MIR156a 1.0E-10 -53.3 ..........((((((...((((..(((.(((.(((.(((.((((((((((((((((((((.(((((...((((((((...........)))))))).))))).))))))))).)))).))))))).))).)))))))))...))))...)))))).......... (-53.3)