mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACTG GTTCAACAAAGCTGTGGGAAG AAATTGGTTCTCTTTCTGTTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATGGTTCAATGTTGATCTGTTGGATCTGTGTTGTTTTTTTGGCTTAAATCTTTGCAGTTCAACAAAGCTGTGGGAAGATAGAGGGAGGATCAGCA CGGGGGGGGGTATGAGAGAGTTTTGTATACCCCAATATTCTTCTTGGGATTGGTGGTAAAAAAGACCTCCTTTCTCCTTATATATACACTCTCCCCCTTCTCTCCTCTTCACTTCACCCCTCACCACCTCTAATCTCTCATACACATGAGTTGTCCTTCACACACAGTGAGTGTGTTCTCCTGAACCCTGATTAGGGTTTTAATCCAGAAGAAGAAGAAGAAGATGGTGTTGAAAAAATTGGTTCTCTTTCTGTTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATGGTTCAATGTTGATCTGTTGGATCTGTGTTGTTTTTTTGGCTTAAATCTTTGCAGTTCAACAAAGCTGTGGGAAGATAGAGGGAGGATCAGCACTGTAAGGTTTATTAAACCAAGAAAAAGAAATAGGAAATTTCCAGATCTACCCTTTAATTTGCATGGAAAAA 1 0 5' arm Carthamus_tinctorius mirnest MIR396 0.0000001 gma-MIR396a 0.000000002 -57.9 ...(((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((((.((((((((((.(((((...))))).)))))).............))))..)))))))))).)))))))))))).))))))))))))))))).. (-57.9)