mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTCCGTCGGTATATTCCGAGG TCGGAATATACCGACGGATAT GTTTACCGACGGACATTGGTCGTCGGAATATACCGACGGATATTGGTTCATCGGTAAATTCCGACGGATGTTAGTTCGTCGGTATATTCCGAAGAACCGTTGTCCGTCGGTATATTCCGAGGAACCGTTGTCCGTCGGTAT ATCAACGCAGAGTCCGCGGGAGTTTACCGACGGACATTGGTCGTCGGAATATACCGACGGATATTGGTTCATCGGTAAATTCCGACGGATGTTAGTTCGTCGGTATATTCCGAAGAACCGTTGTCCGTCGGTATATTCCGAGGAACCGTTGTCCGTCGGTATATTCCGACGCCCAGAGTTCGTCGGAATATACCAATTTTAAAAAGGAATTAATTTTGCATTTTTATATATATTTTTATATTAAAAATTAATTAATAAATTTAAAAAAAAAACAGAAATTTAAAACTAATAATATTATATAATTTAAATTCATACAAACCGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTACTCTGCGCTGAT 1 0 3' arm Brassica_napus mirnest 100 100 -87.7 ...((((((((((((.(((((.((((((((((((((((((((.((((((.((((......(((((((((....)))))))))......)))).)))))).)))))))))))))))))))).).)))).)))))))))))). (-87.7)