mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTTTGGGGGAGTTTCTGGAC CCAGTGAACTCCTTTTGGTTA GTGGGTGTGTGGGTTTGCGTGTGTTTCCTGTACTTTGGGGGAGTTTCTGGACGAGTGTGCAAGCAGCTGCAAGAACCGGAGCGGTTCACGTCTTTGCCCGACCTGCAGCAAACACAGCGTTTGAAAGTCGAGTCCAGTGAACTCCTTTTGGTTAGGTTAGGCGGATGAAGAAGAAACTCTCC CAACCTCGGCATGGCGGGTGTCCTAGTGCTCCCCTGAGACGCCGCCGCCGCCGGATCCAGGAGAGACGCCGCCCTCCCTCACTCCTCCGCTCCTCCGTCTTCGTCGTCGCTGAGGTCCACCGATCGGGAGTCGAGATGGCTGGCCGCTTTGTGTTCCGGACTCTCTGTTCGATGTCCAGATCGAGAAGCCTCCACGGCGCTCATGCGCCTGCAGCTGTTCGTGTCAGCACCCCAGCCACCTGCGGTACGTCGGAAGCTGGCGGAATGCAGGTTGCAAGGCACTTCAACACATTCCCATGCTCCCGTCCTGCTGCTAAAACTGGAAGGCCTTTGGAAAAAATGGATGCGAAAGATGATAAGTTCTGGGGATGGTTCATGTGGGTGTGTGGGTTTGCGTGTGTTTCCTGTACTTTGGGGGAGTTTCTGGACGAGTGTGCAAGCAGCTGCAAGAACCGGAGCGGTTCACGTCTTTGCCCGACCTGCAGCAAACACAGCGTTTGAAAGTCGAGTCCAGTGAACTCCTTTTGGTTAGGTTAGGCGGATGAAGAAGAAACTCTCCTCCGGGAATGGGTGTAAGGCCTGCAGATGCCACCATGTTTG 1 2 5' arm Cenchrus_ciliaris mirnest 100 100 -51.1 ..((((......((((((.((.....((((.(((..((((((((((((((((...(((....)))((((((.((((((...))))))..(((.......))).)))))).(((.....)))(((...))).)))))).)))))))))).))))))).)).)))))).........))))... (-51.1)