mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACCGAGGGAGTACT TATTCCCTCCACCCCAAGATA AAATCATAATTTTTATTCCCTCCACCCCAAGATAAATCATAAATGTCTGCAGTGGAAAAGGCACCCTGTTTTAGAAATTTGTAATTTTTATACTATTTAATTAACTAAATGACGAATTCATCCCTAATAATAGAGGGGGTAATGATTATCTCCATCTCATGATCAAGGGTAGAATTGGGAAGTAGTTGCTTACTTTTGAAAATGAATGCTTATTTTGGGACAGACTAAGATAGAAACGTGGACGCTTATTTTGGGACCGAGGGAGTACTATTTTTGATG GACGTGGAACTATCGGTCAAGATGATGAGGTAATAATATATAATACTTTGGTTGGTGAATTCATTTCTGCATTTATAAAGGGAGATCACATAGGAGCGTTGATTTTTTTTTGAATCGTGATAAATCATAATTTTTATTCCCTCCACCCCAAGATAAATCATAAATGTCTGCAGTGGAAAAGGCACCCTGTTTTAGAAATTTGTAATTTTTATACTATTTAATTAACTAAATGACGAATTCATCCCTAATAATAGAGGGGGTAATGATTATCTCCATCTCATGATCAAGGGTAGAATTGGGAAGTAGTTGCTTACTTTTGAAAATGAATGCTTATTTTGGGACAGACTAAGATAGAAACGTGGACGCTTATTTTGGGACCGAGGGAGTACTATTTTTGATGTTAGTGCTGAGTCTCTGCAACTACTTTGATGCTGATTTCAAAATCTCTATTCAATTTTGAGATGCAGGAGGGTTACTTTGAAGGCGACTCTGCTGAAGTTGTCATATCATCCCTGAGGCTGGGTGATGACCAAGGCAGTAGTTTGTTTACAAATTCAAATTGGTTTGCTTTCCAAGACGATAAAATGGGAGATGCAACTATGAGTGCCACCTCCCCTTCGGAAATGATGGAGGAGATCGACTTTAATGCGCCATCTACCGGTGGCAACAACAACGATGATTTGGTAGTTGGTGTGGATGAAGAATTTCTCGATACCAAAAACTCCAACAACGTTATTTCCGACTCTAATAGTCGAGCGAGCCCGATCCGTTCAGTGAGACTACGAGTAAACGCATGAGACTGAATGGTCGTCGAAGTGAAAAAACAGCGGTTCCGATGCTGGGCTAC 5 0 3' arm Centaurea_maculosa mirnest MIR1122 0.00007 100 -60.4 ..((((.(((...(((((((((...((((((((((........(((((((.(((.......))).(((((((((.(((((((.((((...................)))).)))))))..((((.(((((..((((((((((...)))))))).))((((..(((((((((((((((.....)))))..))))))))))..))))....)))))..))))....)))))))))....))))))).))))))))))...)))))))))..)))..)))). (-60.4)