mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTCTTCCTCTTCCTCTTCCT AAGAGCAGGAGGAGTTGGAA CCAACAACACGAGAAGAGCAGGAGGAGTTGGAAGAAGGGTAACCACTCCAGTCGGTCGGAAAATGACGACGGCGACGTTGAACGCCGCGATGAACGGCGGTTTGGCCGCAGTAGGTGCCGGCGGCGGTGGTGGTGGTGGTGGAGTCATCGGCCAAAAGACGGTGCTGATAACAGGGGTTAGCAGAGGTCTTGGGAGAGCCCTAGCCCTAGAATTGGGGAAGAGAGGCCATTCTGTTATTGGCTGCTCTCGAACTCAACAAAAACTCGATTCTCTTCAATCGGAGCTCTCTTCTGAACCTTCTTCTTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTGAAAAACA GGCCATAACCATAATAACCAACAACACGAGAAGAGCAGGAGGAGTTGGAAGAAGGGTAACCACTCCAGTCGGTCGGAAAATGACGACGGCGACGTTGAACGCCGCGATGAACGGCGGTTTGGCCGCAGTAGGTGCCGGCGGCGGTGGTGGTGGTGGTGGAGTCATCGGCCAAAAGACGGTGCTGATAACAGGGGTTAGCAGAGGTCTTGGGAGAGCCCTAGCCCTAGAATTGGGGAAGAGAGGCCATTCTGTTATTGGCTGCTCTCGAACTCAACAAAAACTCGATTCTCTTCAATCGGAGCTCTCTTCTGAACCTTCTTCTTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTGAAAAACACCTCTTCATGAATGTAGACGTGTGTTCAAATAGCAGTGTTCAAGAGTTGGCACGAGTTGTGATGGAAAAGAAGGGTGTTCCAGATATCATTGTAAACAATGCAGGTACAATAAACAAAAACAACAGACTATGGGAGGTTCCAGAGGAAGAATTCAATGCTGTTATAGATACTAATCTGAAGGGAATAGCGAACATGTTACGCCACTTCATTCCCCTTATGATTGAGAAAAAGCAAGGGATTCTCGTCAATATGTCGTCTGGCTGGGGAAGGTCTGCTGCAGCACAGGTGGCTCCTTATTGTGCTTCAAAATGGGCAGTTGAAGGGTTGACCAAGTCAGTGGCAAAGGAGTTACCGAGTGGAATGGCGATTGTTGCACTTAATCCAGGGGTGATAAACACCGAAATGCTTGCATCATGCTTCGGCAGTTCATCCAGTCTGTACCAGCCACCTGAGTCATGGGCTCCC 3 1 3' arm Centaurea_maculosa mirnest 100 100 -107.5 ..........((((((((.((((((((..(((((((((.(((((((((((((((((((........))))..)))).(((..(((((((.((....(((((...)))))..))..)).))))).)))))).))))))(((.((....)).)))..(((((..(((((((.......)))))))...)))))((((((((((...(((.......)))((((((((((((.........)))))....((((.............)))).)))))))....)).)))))))).))..)))))))))..)))))))).))))).)))......... (-107.5)