mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT ACAGGGAACAAGCAGAGCATG ACCAGAGAGAGACAGGGAACAAGCAGAGCATGGATTGAGTTTTTACCAAAACATCAAATGACTATGTTTGGTCTCTTCCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCTCCTC CTTTTCTTTAATCTGTTTTACAATGAAATAAAGAAGACAAAAGTGGTAACCAGAGAGAGACAGGGAACAAGCAGAGCATGGATTGAGTTTTTACCAAAACATCAAATGACTATGTTTGGTCTCTTCCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCTCCTCTTTCTATCCCTTCTCTTTTTTTTTCTCTCCTTTCAATGAATTTTTATTTTATTTTACTACTGCTAACACCCTTTTGACAAGCTAAGAGTTCTGGTCTACCTCTGTGTTCATGAAGTGGAGCTGAAAGAAGCAATGGCATCCATCCCCTGGCGCAAGAGCAGGGCGTCGATGAAGGTGTCTAGATTCTCTCCTTCCATCATATCTTCAATGGCATGGTGAGTGATTCCCACACGGTGGTCCGTGACTCTCCCTTGTGGAAAATTGTACGTACGGATTCGTCCAGACCGGTCTCCGCTGCCAATCTGTTAACGGGAATACAACATCGATCAGCTAAGAAAGAAAATGACGCCATTGTTAAGATTGTTAATCACATAAGTACCTGTTCTGACCGTAGCTTTGATCGGCTGCTCTGTAATCTCAACCTTTCAATCTCATAGAGCTTTGCGCAAAGTACTTTAAGTGCTTTGGCTTTGTTCTGTCATACATAATAAGAGTTCAAACTTATGTATTAAGTAGGACGTAGAAGTTTGAGGAGGGATTTAAAGTAACTACCATATGTTGTGATCTTTCGTCTTGGATGGAGACCATGATCCCAGTTGGATGGTGGATTATTCGGACTGCGCTGTTGGTTGTGTTGGCATGTTGACCACCGCAGCCACCAGACCTGTAAGTATCAATCCTCAAATCTTCATTCCTAAAAAAAAAAA 5 0 3' arm Brassica_napus mirnest MIR408 8e-30 ath-MIR408 2e-33 -35.9 ....(((.(((.(((((((...((((.((((((...(((.....((((((.(((.........))))))))))))...)))))).))))...))))))).))).)))... (-35.9)