mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATGGCGTATGAGGAGCCAAG TGGCTCCCTGTATGCCATTTT GTAAGTATATGCCTGGCTCCCTGTATGCCATTTTCAGAGCCCATCGGTATTTCCAATGGCCTCCGTGGATGGCGTATGAGGAGCCAAGCATATTCCAC CTTGATTTGGTGGAACTTATGTGGAACCAACCCCAGAGCGCTTGTTTCTTTCTAACGTTCGGCACATGTTTCAGCTTATAAACACACTCTTTTTTTGTTGTATATAGGTCTCCCACAATCTTTCTGCATCTTTTGAAGCCCTTCTTGGTGAATATATCATCTAAAGTTTTAATCTTGATTTGATCTTTGAAATCTTGGTTCAAGAAGTCATATACACATGCCACTCTCTATGGATTCATCTTCTTGGATGTTAAATCATATGCTTTCAAGGTTCATTTTTTGAGGTAAAATACATTTAAATACTCGTAGATACATACACGATGAGTGTAAGTATATGCCTGGCTCCCTGTATGCCATTTTCAGAGCCCATCGGTATTTCCAATGGCCTCCGTGGATGGCGTATGAGGAGCCAAGCATATTCCACATCTTGTACGTTCTACAACTTTACTTTTTTTCTTACATTGTCTATATCTATGAAGGCCATATTAGTCAATTTCACATCTAATTTAATTAGTCTTCTACGAGTCTCACAATTAAAAGGGACTTTGCGATTAATTAACTATGGTATATGTATAGTTTTATGTGAAATTTTTGTAGAGGTTGAAGGGTAGCATTGTAAATTTATTAAAGATGCATGCCCAGTTAAATCTTTGCTCCCAAGGGGGAATATTGGAACCCCCAGGTAGAATTTCTTCAACTTTCTTGATCATCTTCGGCACCCATTTTTCATTTTAAGGGGGTCTTTGTTAC 2 0 3' arm Centaurea_maculosa mirnest mir-160 1e-19 ptc-MIR160c 1e-24 -41.8 ......((((((.(((((((.((((((((((((...(((.((((.((.....)).)))).)))...)))))))))))).))))))).))))))..... (-41.8)