mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCACCCCT AGTGATACTAAGAACACATG ACAGAACAGGGCAATTCTCCAAGGAGTGATACTAAGAACACATGTGATGGAATGAGTGCATTGATATGCTGTATGGTACAACTCTTTGATGCACATTTTTTTTCATTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGAGCACCCTGTTTCATAATGTACAACT ACAGAACAGGGCAATTCTCCAAGGAGTGATACTAAGAACACATGTGATGGAATGAGTGCATTGATATGCTGTATGGTACAACTCTTTGATGCACATTTTTTTTCATTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGAGCACCCTGTTTCATAATGTACAACTCGATAATGCACAAAAGGGGTCGGGTTGGGCGGTTGGCGTATACAGATTGTACCAGAGGGAAGGTATACATCAAGGGTACATTTATTATCAACTTCTTCACCTTTTATGTTACCGTCTCCTTTTTCTTCTTTTAAAATCGTTTTAATTTTTTTGGAGTTTTTTGTTCTTGTTGTTGAAAGGCAAAATGTTTGGAGTTTTAGGTTTTACAACCTGTTAGTCAGAAGATTTGAGTTTTACGAATTGGAGATTTTAAATATTTGTTTGATGAATACTAAAAATATCATCTAATTACAAAGTAATATCTAAGGAAAAAAAACTCAGGAATACATCATCTTTTTTTTTAATCGGCTTAGATTTTTTTTTTTTTGAATTTTATGGTGTTGAAAAATAATAATATCGTTGTATAAGACATAATTTTAGCAAAGTTTTGGTGATTTTTATATTTTATTATACCTTTTTTATGAATTATTTTAAATGATGACATTTTTGGTATAATTAGAAAGAGGGGTCAACCGGTTACATGGGAGGTGAAGAGGTTTGTGATGAATTTACGTTTGATGAATACCAGACTCCTCTTGATGGAATTCTTGATCTTCATGCTCGTATACGTTGGTTTTTATATTTGTTATTCTTGGGAATGGTGCTAACGCCTGTTAACGATTTCT 2 2 3' arm Centaurea_maculosa mirnest MIR398 1.0E-7 vvi-MIR398a 8.0E-9 -51.9 ...((((((((.....((((((((.(((((.((.((((((((.((((.((((...(((((((((.....((((...)))).....)))))))))...)))).)))).)))))))).)))))))..))))))))..)))))))).............. (-51.9)