mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATGGCGTATGAGGAGCCTAG TGGCTCCATGTATGACATTTT AGATACATACACGATGAGTGCAAGTATATGCCTGGCTCCATGTATGACATTTTCAGAGACCATCGGTATTTCCAATGGCCTCCGTGAATGGCGTATGAGGAGCCTAGCATATTCCACATCTTGTACGTTCTACAAC AATTGGGCTCCCCCACTCGCGCGGCAATAATTGGCGCCCCTCGGGGAAAACCTCCCATATAGGGCTTTTATATTGGATTCGAGAATAGACATCTCTGGTTCAAGAAGACATATACACCTGCGACTCTCAATGGGTACATCTTCTTGGATGCTACCTCATATGCTTTCTTAGGCTCCTTTTTTGAGGTAAAATACATTTAAATACTCGGAGATACATACACGATGAGTGCAAGTATATGCCTGGCTCCATGTATGACATTTTCAGAGACCATCGGTATTTCCAATGGCCTCCGTGAATGGCGTATGAGGAGCCTAGCATATTCCACATCTTGTACGTTCTACAACTTTACTTTTTTTCTTACATTGGCTATGATCTATGAAGGCCATATTAGGCAATTTCACATCTAATTTAATTAGTCTTCTACGAGTCTCACAATTAAAAGGGACTTTGCGATTAACTAACTATGGTATATGTATAGTTTTATGAGAAATTTTTGTAGAGGTTGAAGGGTAGCATTGTAAATTTATTAAAGATGCATGCCCAGTTAAATCTTTGCTCCCAAGGGCGAATATTGGAACCCCCAGGTAGAATTTCTTCAACTTGCTTGATCATCTTCGACACCATTTTCATTTTAGGGGGTTCTTTGTCACATAAAATTAATTTTGCTTTTTAAAAATTT 4 0 3' arm Centaurea_maculosa mirnest mir-160 1.0E-7 ptc-MIR160c 2.0E-12 -42.5 .....(((.....))).(((((((.((((((..((((((.((((((.(((((...(((.((((.((.....)).)))).)))...))))).)))))).))))))..)))))).......))))))).......... (-42.5)