mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGTGGACATACTGTCAACGG TTGGCATTCTGTCCACCTCC TCAATTCATGGCGGTTTAATAAAGGGTTTCCTGCAGATTTCTTTGGCATTCTGTCCACCTCCCTATTCATGTATCAAACCCCACTATAGGAAAAGCTAAAAAGAAAGAAAAAGAAAAAGAAACCCGTGTGTGTAATTAGGGTTTCGTAGTTTGCTAAGAAAAAAAAAAGAAAAAAGAAAGAATCTAAGGCAAGATTTTTTCTTTTGTGTGTGTAATTAGTGTGTGGAGGTGGACATACTGTCAACGGAGCTCTGTTGGTATCTCTTTGTAAAACCCTCTTGAAGTT ATCCTCTTAATAAGTAACACCCCCATCTACCCTTCTTCTTCTTCACTTAAAAAACATCTTTCTTCATGGGTGTTGTTTGCTATGTGTGTGTTTTTGGGTTTAGGGTATTTCATACTCCCATCTTCAATTCATGGCGGTTTAATAAAGGGTTTCCTGCAGATTTCTTTGGCATTCTGTCCACCTCCCTATTCATGTATCAAACCCCACTATAGGAAAAGCTAAAAAGAAAGAAAAAGAAAAAGAAACCCGTGTGTGTAATTAGGGTTTCGTAGTTTGCTAAGAAAAAAAAAAGAAAAAAGAAAGAATCTAAGGCAAGATTTTTTCTTTTGTGTGTGTAATTAGTGTGTGGAGGTGGACATACTGTCAACGGAGCTCTGTTGGTATCTCTTTGTAAAACCCTCTTGAAGTTAGTTTTTCCCTATACATAATTACTGTCACATGGTTGTATATATATGTATATATAGCATGGGTTCCTGTATCTGTGTATTTCTTCTATGTTGGGCTTGCTTTGACCTATTCTATTCTATCCTATTGGATAGAGGTGTATAAGCATTATGTTTTTGCAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAG 3 1 3' arm Centaurea_maculosa mirnest MIR394 0.00002 ptc-MIR394b 0.000000000000004 -79.2 ....((((.((.(((((.((((((((...((.(((((.((((((((((...(((((((((((.(((((.((((...........)))).)))((((((....................(((((((..((.....))..))))))).))))))(((((..............((((((((((((((......))))))))))))))..........))))).)).)))))))))))...)))))).)))).))))).))...)))))))).))))).)).))))... (-79.2)