mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAAATCTTGTTGATGCTGCCA TTAGTATCATTATTTTCTG AAGTTTTAAGTTATTGAACTTTCCATTGAGCATTTTATCTTTGTAAACCAGAAATCTTGTTGATGCTGCCAATATTGCTGCTTTGGCTGCTCTGTCTACATTCAGGAGGCCTGAATGTACATTTGGAGGAGAAGATGGTCAAGAAGTTATAGTAAATCCACCGGATGTGAGCTTCCTCTGCTTCCTTAATCCTTACTAACAAAGTCTTGGTGTTGGTTGATGTGATAGTCGACATTAATCTGCCTTTCTCATTGCCGTTGCCCCTTACTTAGGCCTGTCGTGAAACTGAAATATCACAAGCTTTTGAAATATCACCTGGTTAGTGAAGCTATATAGTGTGGTACCAAAAGCTTTTGTGGAACCTACGGTTTTTGAATGTTTGAATATATTCATCTGATGATCCCCTTTGTAGCACAGTAGCACCCCAAGCTCTAAGCTGCAGTCTGGCCTAATAACCTCAAAATCAACTTAAATCCATGGTGGAAGTTACTGGTATCCCATAATTTTGAGCTTTTAAGGTCCTTATAGATCTACTTTCTATCCATGTGGGACAGGTTGTTAAACTTTTTGAATTTCGAAAAGACCTGTGGAGCCTTTCTGTAGTCGGTTTGAATTTCATTTTTCAAATTCAATAAATTTGAATTCAGCATATGTACTGTTAGACTATCCTTGTGATAGCAATGTAATAAATTGTTCTTTTTTTTCTTTCTGAAAGACAAAGTAACCTGTGTTAGTATCATTATTTTCTGTCTAAGGTTATTGATTGTGGTCAGTAGGAGGTCAGTCTTTAAT AAGTTTTAAGTTATTGAACTTTCCATTGAGCATTTTATCTTTGTAAACCAGAAATCTTGTTGATGCTGCCAATATTGCTGCTTTGGCTGCTCTGTCTACATTCAGGAGGCCTGAATGTACATTTGGAGGAGAAGATGGTCAAGAAGTTATAGTAAATCCACCGGATGTGAGCTTCCTCTGCTTCCTTAATCCTTACTAACAAAGTCTTGGTGTTGGTTGATGTGATAGTCGACATTAATCTGCCTTTCTCATTGCCGTTGCCCCTTACTTAGGCCTGTCGTGAAACTGAAATATCACAAGCTTTTGAAATATCACCTGGTTAGTGAAGCTATATAGTGTGGTACCAAAAGCTTTTGTGGAACCTACGGTTTTTGAATGTTTGAATATATTCATCTGATGATCCCCTTTGTAGCACAGTAGCACCCCAAGCTCTAAGCTGCAGTCTGGCCTAATAACCTCAAAATCAACTTAAATCCATGGTGGAAGTTACTGGTATCCCATAATTTTGAGCTTTTAAGGTCCTTATAGATCTACTTTCTATCCATGTGGGACAGGTTGTTAAACTTTTTGAATTTCGAAAAGACCTGTGGAGCCTTTCTGTAGTCGGTTTGAATTTCATTTTTCAAATTCAATAAATTTGAATTCAGCATATGTACTGTTAGACTATCCTTGTGATAGCAATGTAATAAATTGTTCTTTTTTTTCTTTCTGAAAGACAAAGTAACCTGTGTTAGTATCATTATTTTCTGTCTAAGGTTATTGATTGTGGTCAGTAGGAGGTCAGTCTTTAAT 3 2 5' arm Centaurea_solstitialis mirnest 100 100 -169.8 .....(((((..(((((.(((((.(((((.(((...(((...((((..((((((...((.((((((((.((...(((((((((.((.(((((((((((((....((((((((((.((..((..(((..((((((....((((((..((.((((((.......((((..((((.......)))).....))))))))))..))..)))))).((.(((((((((........))))))))).)).))))))....))).)).....)).))))))).((((.(((((((.....(((((((((((((...(((((((((..((((...))))..))).)))))).))))))))..)))))......)))))))(((((((......)))))))..))))..)))....))))).)))).)))).)).)))).....(((((((...(((.(((((((((((((((.(((((..(((...)))..)))))..(((....)))..))))))).((....))(((((.(((((.......)))))......))))).))))))))..((((((((...)))))))).((...)).)))...))))))).(((((((....(((..((((((((.....))))))))........))).....)))))))....((((.(((....))).)))).((((.(((((..........))))))))))))))....)).)))))))).)).)))))).......)))).))).))).))))).)))))))))).))))). (-169.8)