mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGATTTGCCCGG GGGCAAGATCTCTATTGGCAGA GATATATCAAAGGTGGAAATGCATTACAGGGCAAGATCTCTATTGGCAGAAAACCATTACTTAGATCTTTGCATCTCTTTCTGCATTGATTTGTAGTGAGTTCTCTGCCAAAGGAGATTTGCCCGGTAATTCTTCTGCACCAATATTTCAAAAAA GATATATCAAAGGTGGAAATGCATTACAGGGCAAGATCTCTATTGGCAGAAAACCATTACTTAGATCTTTGCATCTCTTTCTGCATTGATTTGTAGTGAGTTCTCTGCCAAAGGAGATTTGCCCGGTAATTCTTCTGCACCAATATTTCAAAAAAAGGAGACATTGTTGAATCAATGTAGAAGGTGATATTTTATGCATGGAGATGTGGAGATCATCGCTTTGTCTTTTTGGATAAACAATATCTCTTCGTATTTGAATCAATGTAGAAGGTGGTATTTTAAAATGTGATATTGGCTGCTCATCACTTAATTATTAGTTATGTAATTACGTAAGTCTTAAACTTTAATTGAATCTATGATTTTGTTTACTTACTGATTTACTGGTAGGGAAATGCCACTTGTAGGTAGATTTAAATAGGAACCCCGAATGGAAACAGAATTAAGGGTAAATCAGCTAATGACCCATACATTTTATATGAAAAGATACGTTTTATAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGCTCTAAA 2 1 3' arm Brassica_napus mirnest mir-399 3e-39 aly-MIR399a 2e-59 -54.4 ((.((((.....((((((....(((((.((((((.((((((.((((((((.(((((((((..(((((..((((........))))..))))))))))).))).)))))))).)))))))))))).)))))..))))))....)))).))...... (-54.4)