mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCTTCTTCCCTGGCT ACAGGGACGAGACGGAGCCCG TTTAATGGTATAGATGGAGATGTGAGGGTAGACAGGGACGAGACGGAGCCCGAAAAAGCCTAGTCAATACTTGGGTCAGTATTGTTGTCTTTTCATGCACTGCTTCTTCCCTGGCTATCCTCTTCTCTCTATACTCGTGTTGTT GGAACATGTGATCTAAACCGATCTGATCTAGTAGGGGAGGTTAATTTCACTTTCTCATACGGGAGATTGCATTTTTTACTAATGTTTTTTCTTTACATACATCAATCTTAAAATCTGTTTTTACATTTTTAATGCAGGATTGATCTGGTGTTGACTTGTATAGGGGTGCAAAATAGCAATGTCCTTTAAGTATTTAAGTATTCGCTTGTAATTGCTTTCTCGAAGTTTTAAGGTTTATAGTTTGCGTGATTTTAATGGTATAGATGGAGATGTGAGGGTAGACAGGGACGAGACGGAGCCCGAAAAAGCCTAGTCAATACTTGGGTCAGTATTGTTGTCTTTTCATGCACTGCTTCTTCCCTGGCTATCCTCTTCTCTCTATACTCGTGTTGTTTGATTATGTTTCATATGTGATCTTTAAATGTTTCTTGTTAGTAGTACACGATTTTGTATTTAATTTTATTGCATTCTAGTCAATATAGCTCATTAATGTATTTATGTAAATTGACTTGACTATTTTTCCCTTGCATGGTCATGCTCTTTTCTTGGTCGCTCTTTAGAAGGTAGTGTAAATCTTTCTCCACAACCTATCAATCTTTTATTTTTAACCACTTGACACTACCACTTGTTAAGTTAGTTGATTTTTTCGTCGTTAATATTTGATCCTCTAACACTTCTTTTTTAGACGTGTTGCAAGAGTAACACCGTTATTTCTTTTACATTGGAGAAATGATAGTTTTGGTTTTTCATAAAATACTTAGAATCATGATCCNAATGTTTTTAGTTTGATGAACACTTTATGACTCATGTCGAAACACCCGAAATTTGAAAA 5 0 3' arm Centaurea_solstitialis mirnest 100 aqc-MIR408 0.0001 -49.8 ......((((((((..((((...((((((((.((((((.(((.(((.((..(((((.((.....(((((((......)))))))..)).)))))..)).))).))).)))))).)))))))).))))))))))))......... (-49.8)