mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT ACAGGGACGAGACAGAGCCCG TTTGCGTGATTTTAATGGTATAGATGGAGATGTGAGGGTAGACAGGGACGAGACAGAGCCCGAAAAAGCCTAGTCAATACTTGGGTCAGTATTGTTGTCTTTTTCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTATCCTCTTCTCTCTATACTCGTGTTGTTTGATTATGTT GGAACATGTGATCATAAACCGATCTGATTTGAGTAGGGGAGGTTAATTTCACTTTTTTTTATGGGAGATTGCACTTTTTATTAATGTTTTTTCTTTAAATGCATCAACCTCAAAATCTGTTTTTTACATTTTCAATGCAGGATTGATCTGATTTTGACTTGTATAGGGGTGCAAAATAGCAATGTCCTTTAAGTATTTAAGTATTCGCCAGTAATTGCTTTCTCGAAGTTTTAAGGTTTATAGTTTGCGTGATTTTAATGGTATAGATGGAGATGTGAGGGTAGACAGGGACGAGACAGAGCCCGAAAAAGCCTAGTCAATACTTGGGTCAGTATTGTTGTCTTTTTCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTATCCTCTTCTCTCTATACTCGTGTTGTTTGATTATGTTTCATACGTGATCTTTAAATGTTTCTTGTTAGTAGTACACGATTTTGTATTTAATTTTTTGCATTCTAGTCAATATAGCTCATTAATGTATTTATGTAAATTGACTTGACTATTTTTCCCTTGCATGGTCATGCTCTTTTCTTGGTCACTCTTTAGAAGGTAGTGTAAATCTTTCTCCACAACCTATCAATCTTTTATTTTTAACCACTTGGCACTACCACTTGTTAAGTTAGTTGATTTTTCCGTCGTTAATATTTGATCCTCTAACACTTCTTTTTTAGACGTGTTGCAAGAGTAACACCGTTATTTCTTTTACATTGGAGAAATGATAGTTTTGGTTTTTCATAANATAACTTAGAATCATGATCCAAATGTTCTTAAGTTTGATGAACACTTTATCACTC 5 0 3' arm Centaurea_solstitialis mirnest MIR408 0.00004 ahy-MIR408 0.000002 -59.2 ...((((((((.((((((((((((..((((...((((((((.((((((.(((.(((.((..(((((((..(((.(((((((......)))))))))).)))))))..)).))).))).)))))).)))))))).))))))))))))...))))...)))))))). (-59.2)