mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGGTGTTCGACGAAATGCGA GTTCGATGTTGAACAACCTTGGA GTTATGCACACCAGGTGTTCGACGAAATGCGAAAGCCTGTCTTGTTCATTGTCTAGTTCATCCTACGGTTCCCATTCGTTTCCGTTGTGTTTGAAGGCTCAAAATAGGTCGTTATGCGTCAAGTCTGCGGTTAATGAAAAGGGAAACAAGAAAAACCATTTGGGTAACAAGGAAACTAGCTTTTTGAGGAAGGGGTTTAAGCTTAGATTGCAGCCGAGGTTGCGATTACTGTCTTCAAGATTGAAACGGGCGACGATTCGTTCGATGTTGAACAACCTTGGAACGTATCT TTCAACACTCTCATTGATGGAATACACACCTCCTAATCACCAACAAAACTGGGGCGCGTATTTAGTGTTCCCTAGAACAATTAATCACTTCTGTTCAGCTCAATTCAATCGCTAGTCGCTAAAAAGGTAAACTTGCTTTCAGAAGTGTAAAATCGTGGTTGTAAATCAATAAATCTATGCCGATCTTTACGATTTCATGGGGAAATTGAACGCTATGTCAGTAGAAATGGCTTGCTTTCCTGTTCTTTTGAACAATGGATCTTTGCATAGCTGTCAGATTTCGAGACTTCGTGTTATGCACACCAGGTGTTCGACGAAATGCGAAAGCCTGTCTTGTTCATTGTCTAGTTCATCCTACGGTTCCCATTCGTTTCCGTTGTGTTTGAAGGCTCAAAATAGGTCGTTATGCGTCAAGTCTGCGGTTAATGAAAAGGGAAACAAGAAAAACCATTTGGGTAACAAGGAAACTAGCTTTTTGAGGAAGGGGTTTAAGCTTAGATTGCAGCCGAGGTTGCGATTACTGTCTTCAAGATTGAAACGGGCGACGATTCGTTCGATGTTGAACAACCTTGGAACGTATCTGCGTAAAAACATGAAGAAAGTGACTCTATCCACTTCGGTTTCGATTGCATTAGGGTTGTGTTATTTGTTCTTGAAGTTAACAACAATGCCAACTCCTAAAGCTGCCCCGTACTCAGACTTGGTAACAAGTATTCAGAGTGGGTCCGTAATGAAAGTTCTGTTTAAAGAGGGATCGCGGCGTATCTACTATAATACCGAATCATTTGGTGTTGAGAACACCCAAAGTTCAGAACTTCCAACGGTTGGAAGAAATGATGATGACGAANATTTGGTTGAGAGCGATACGGTGAGGGGTAATGTGAAGAGTAATCGGATTACGAGTTCAAATATGTTGTTGAAATTGACAAAGCCGAAAGCTTCGAAGCCGGAATGGCAGTACTCTACAAGAAAGATTGACCATGATGAGAGCTATCTTCTTGGCTAAATGAGAGAGAGAGGGAATACATATAGTTCATCTCCACAATCAGCATTAAT 4 2 5' arm Centaurea_solstitialis mirnest 100 100 -70.8 ..........((((((((((((((....(((((.((((((....((((..(.((((((..((((...(((((((((((((.(((((((((.(((.((((.......)))).))).))).)).....))))..))))))..((.............))...)))).))).))))))))))).(((((((((.(((((....)))..(((((((((....))))))))).)).))))))))).)))))))))).....)))))....)))))))))..)))))......... (-70.8)