mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAACAACAACAAGAAGAAGAG CTTATTTGTTGTTGTTGGG AAAACGAGGAGCAACAACAACAAGAAGAAGAGTCAAGTAGTCATCTGGACAGAGACCTTCAACAATTGGATTCTTATTTGTTGTTGTTGGGTTTCAATC AAATGGGCATTCTGCGTTTCGTTCCTGCTTTGACCATTTTCAATCCTTTAAGTTTCCCATGGTTCAAACTCCACCATCTGAACCCTTCGAAAACACCCACCATTTTCACACGGAACATTCTCATTTGCTCCATCAATCCATCGTCTGCAAATGTCGGATCACCCCGAAACTCTTGTACAACAAGAATCAGAAGAACAAGAAACCCAGATCAGAACTCCACTCCTCCTAAAAGCGGACCAAATCCAAGTTTTATATGAAGAAAACGAGGAGCAACAACAACAAGAAGAAGAGTCAAGTAGTCATCTGGACAGAGACCTTCAACAATTGGATTCTTATTTGTTGTTGTTGGGTTTCAATCAATCTTCTGTTTTGAGATTTGGGATTTCATGGGTAACGTTTTTAATGATTGGGGTTGTGCTTCCTGTGACGGTACTTTTGACGACAACCAACTGTTTCAGATGTGATCTCTACCAAGTTAAAGCCTTTGAGCTTGTCGTCGTTTCTTCCCACGCTTGTCTGGCAGCCGCTGCTCTGCTTTGCCTTTCACATAATCTCAGAAAATATGGGATTCGAAAGTTTCTGTTTGTCGATCAGTACAATGGCCACGTCCAACGATTTTCGAGGGACTATGTTCAGAAGATTTCTGAAACGAAACGTGCCCTAATTTTGTGGGTACTTCCATGTCTAATCTTAAAGATTGCTCGTGAAGTTATCCGCATGATGTACATGCATCATGAGTCATGGTGGCAGTCATGTGGCATTTTGATTGCTTTAACACTGCCATGGATGTATGTGACCGTGATATTTTTATCATCATGTTTA 1 2 5' arm Cichorium_endivia mirnest 100 tae-MIR1134 0.00000008 -27.8 .....((((..(((((((((((((...(((((((.(((.(((.....))).((.....))....))).))))))).)))))))))))))..)))).... (-27.8)